X档案关闭后，穆德（David Duchovny 大卫•杜楚尼 饰）和斯科莉（Gillian Anderson 吉莲•安德森 饰）被分开。穆德受命执行监听工作，斯科莉则回到学院读书。
某日国会议员麦特森（Raymond J. Barry 饰）向穆德透露一条消息，称在波多黎各接收到外星人的电讯。为了在特种部队之前找到外星人的证据，穆德只身前往。得知消息的斯科莉赶到穆德住处，从电脑中的旅客名单中找到线索，尾随来到波多黎各。
在波多黎各阿雷希伯，穆德偶遇一个当地人，并从他手里得到一幅外星人的画。但不久后此人便离奇死去。穆德最终能否找到外星人来访的证据？
剧情介绍：
美国FBI探员福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）童年时已经历一同新奇奥秘的绑架案，他的妹妹萨曼莎在睡梦中被外星人劫持，至今下落不明，从此穆德便专注于奥秘事情的研讨，并专门担任FBI总部的X档案部门，因穆德行事乖张，难以驾驭，FBI高层从联邦调查局学院调来女性探员黛娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰），外表上是协助穆德任务，实践上是希望这名崇尚迷信的感性探员可以制约穆德的行为，两人最后的协作并不理想，完全不同的思想形式时辰招致争论的迸发，但随着各种新奇案件的呈现以及两人交往的加深，穆德和斯科莉最终变成可以为对方赴汤蹈火的牢靠同伴……
本片荣获1996~1999年度美国作曲家、作家及出版商协会影视音乐奖电视剧集第一名以及其他电影节近70个奖项，
