继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
剧情介绍：
美国FBI探员福克斯·穆德（大卫·杜楚尼 David Duchovny 饰）童年时已经历一同新奇奥秘的绑架案，他的妹妹萨曼莎在睡梦中被外星人劫持，至今下落不明，从此穆德便专注于奥秘事情的研讨，并专门担任FBI总部的X档案部门，因穆德行事乖张，难以驾驭，FBI高层从联邦调查局学院调来女性探员黛娜·斯科莉（吉莲·安德森 Gillian Anderson 饰），外表上是协助穆德任务，实践上是希望这名崇尚迷信的感性探员可以制约穆德的行为，两人最后的协作并不理想，完全不同的思想形式时辰招致争论的迸发，但随着各种新奇案件的呈现以及两人交往的加深，穆德和斯科莉最终变成可以为对方赴汤蹈火的牢靠同伴……
本片荣获1996~1999年度美国作曲家、作家及出版商协会影视音乐奖电视剧集第一名以及其他电影节近70个奖项，
